糞便検査において、顕微鏡検査では肉眼では見ることのできない「細菌」や「寄生虫の卵」、「原虫」を検出します。検査方法は、「直接法」と「浮遊法」があり、直接法では主に細菌を、浮遊法では原虫（小さな寄生虫）や寄生虫の卵を検査します。
　直接法では球菌・桿菌（かんきん）・螺旋菌（らせんきん）・芽胞菌（がほうきん）などを確認します。また、ジアルジアやトリコモナスなどの原虫も直接検出できます。浮遊法で検査する主な消化管内の寄生虫は、回虫・条虫・鉤虫（こうちゅう）・鞭虫（べんちゅう）・コクシジウム・糞線虫・トキソプラズマなどがいて、寄生により軟便や下痢、血便の症状が見られます。
　検査は少量の新鮮な糞便があれば行えます。すべてに有効な虫下しはありません。検査の結果、寄生虫が発見されたときに、その寄生虫を退治できる虫下しを投与しましょう。
（2016年1月執筆）